淡水魚類的棲息地主要是河與湖，兩者因水的特性不同，會有不同底質、藻類、水草、無脊椎動物相、溶氧量、溫度變化等等，連帶的影響到生活於其間的魚類組成。各個不同河川或湖沼又因水流速度、溶氧量、pH值、溫度和食物供給狀況而有不同之魚類。例如在河川中游，雖然魚的種類相當多，但是我們仍可以看到明顯的分佈差異，像平鰭鰍科魚類一定棲息在急湍的瀨區，短吻鐮柄魚則喜好在石礫質的河底覓食，花鰍卻只見於潭邊水流緩慢又有泥砂沈積的底部活動。 淡水魚類的種類會因棲息環境而不同，這些環境包括地形、水溫、溶氧量、底質以及鹽分等等。世界各國常依照各地之特有典型魚類，將每一條河川予以分區，以做為河川環境的指標。台灣河川起源多超過三千公尺，但是有魚的河段，最高僅達二千公尺左右。由於有一些魚類對於環境的選擇性極強，我們也可以從河川裡所棲息的各種典型魚類，得知河川環境的等級為何。同樣的在水中各種水生昆蟲、軟體動物、節肢動物（蝦、蟹）、或是水生植物（大型的水草及小型的藻類）都有相同的分佈性差異。我們將一些可以當作環境指標的生物，就叫做指標生物。 除了因環境的不同而影響到魚類分佈的變化之外，各種魚類的特殊適應性構造亦是影響魚類分佈的一個主因。例如在河口泥沼中，除了要忍受潮水週期性之漲退變化之外，還要忍受污泥和低溶氧的惡劣條件，因此只有像彈塗魚這種可以利用皮膚及濕潤的鰓腔呼吸，幷且可藉着特殊的胸鰭在地面上爬行，甚至利用腹鰭所特化的吸盤攀爬到樹幹或堤岸上的特殊能力，才能夠在這裏生存。  縱使是在同個河段裏，也因不同魚類的習性，可看到有一些魚類喜歡在水表面附近活動棲息者，如大肚魚；或在水體中到處遊動者，如粗首；或在水底層四處穿梭自如者，如鰍鮀；或底棲攀爬在石頭上者，如平鰭鰍科和蝦虎科的魚類。這些不同的特性，你可以很容易的從它們是否具有特別高聳的雙眼、流綫型的身體、吸吮式的口部或是特殊的攀附性構造中看出來。如果細心觀察，將可以發現到不同的魚類有著各種不同的身體構造，而且也和環境配合的極好。站在岸邊或水中用窺箱觀察，是很方便的方法。窺箱是一個四面塑膠板，中央一塊透明玻璃的防水箱。因為一般的水面有不規則的波紋反光，不易觀察水中景物，如果以玻璃面貼住水錶，便可看到水中景物了。另外再戴寬斗笠，或加掛偏光的太陽眼鏡（消除反光）。